27 mart 1940-cı ildə Quba şəhərində anadan olmuş Şahin Fazil oğlu Fərzəliyev 1948-ci ildə orta məktəbi bitirdikdən sonra Bakı Dövlət Universitetinin Şərqşünaslıq fakültəsinə daxil olmuş, 1964-cü ildə fərqlənmə diplomu ilə oranı bitirmişdir.

Ş.F.Fərzəliyev 1963-1966-cı illərdə Əfqanıstanda tərcüməçi, 1966-1968-ci illərdə ADU-nun Şərqşünaslıq fakültəsində dekan müavini, 1968-1970-ci illərdə yenə Əfqanıstanda tərcüməçi vəzifəsində fəaliyyət göstərmişdir. 1970-1973-cü illərdə EA Tarix İnstitutunun əyani aspiranturasında təhsil alaraq, 1974-cü ildə namizədlik dissertasiyasını müdafiə etmiş, 1974-1978-ci illərdə bu İnstitutun «Orta əsrlər tarixi» şöbəsində elmi işçi vəzifəsində çalışmış, 1978-1982-ci illərdə Əfqanıstanda üçüncü dəfə tərcüməçi vəzifəsində işləmiş, 1983-1985-ci illərdə institutun baş elmi işçisi olmuş, 1985-1988-ci illərdə yenidən Əfqanıstanda tərcüməçilik fəaliyyətini davam etdirmiş, vətənə qayıtdıqdan sonra həmin institutda aparıcı və baş elmi işçi vəzifəsində işini davam etdirmişdir.

1996-cı ildə «Azərbaycan və Osmanlı imperiyası XV-XVI əsrlərdə» mövzusunda doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmiş, 17 yanvar 1997-ci ildə ona AAK-ın qərarı ilə tarix elmləri doktoru alimlik  dərəcəsi verilmişdir. 2004-cü ildə Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının qərarı ilə (8 oktyabr 2004-cü il) professor elmi adına layiq görülmüşdür.

Hal-hazırda Tarix İnstitutunda «Mənbəşünaslıq və tarixşünaslıq» şöbəsinin müdiri vəzifəsində fəaliyyət göstərir.

Həm də görkəmli şair olan Şahin Fazilin XX əsrin birinci mətbu "Divan"ını yazmış və çap etdirmişdir (1996). İndiyədək daha iki "Divan"ınız işıq üzü görmüşdür. 130 yaşlı "Məcməüş-şüəra" ("Şairlər məclisi") ədəbi məclisinin tarixini yazmış və onu "Təzkireyi-Şahin" adı ilə nəşr etdirib. 1998-ci ildən "Məcməüş-şüəra"nın sədridir. Şeirləri Əfqanıstan, İran, Türkiyə, İraq və Yaponiyada çap olunmuşdur. 2009-cu ildə Yaponiyanın iki şəhərində (Sinday və Tokio) "XX əsr Azərbaycan milli tarixşünaslığı: tarixi təcrübə və müasir vəziyyət" adlı məruzə ilə çıxış edib. "Azərbaycan haykurları" adlı kitabındakı bir neçə şeiri Tokioda dərc olunmuşdur.

Ş.F.Fərzəliyev onlarla yaxın və uzaq xarici ölkədə keçirilən Beynəlxalq elmi konfranslarda iştirak etmiş, Azərbaycanın orta əsrlər tarixinə dair yüzlərlə elmi məqalənin və beş monoqrafiyanın müəllifi olmuşdur. Onun namizədlik və doktorluq dissertasiyaları tariximizin ən mürəkkəb dövrlərindən biri olan XV-XVI əsrlərdə ölkəmizin siyasi, ictimai-iqtisadi, diplomatik və ideoloji problemlərinin tədqiqinə (fars və osmanlı ilkin mənbələri əsasında) həsr edilmiş olduğundan mühüm elmi işlər kimi diqqəti cəlb etmişdir.

Ş.F.Fərzəliyev namizədlik və doktorluq dissertasiyalarının müdafiəsindən sonra çoxsaylı elmi məqalə çap etdirmişdir. Azərbaycan Sovet və Naxçıvan Ensiklopediyalarında 100-ə qədər məqalənin müəllifidir. Yeddi cildlik Azərbaycan tarixi kitabının müəlliflərindən biri olan Ş.F.Fərzəliyev Azərbaycanın orta əsrlər tarixinin müxtəlif məsələlərini araşdırmış, öz sözünü deməyi bacarmışdır, hazırda isə 3 cildlik «Azərbaycan tarixi» kitabının bir neçə fəsil və yarımfəsli üzərində işləməkdədir.

Ş.F.Fərzəliyev bir neçə monoqrafiyanın, o cümlədən («Azərbaycan XV-XVI əsrlərdə (Həsən bəy Rumlunun «Əhsənüt-təvarix» əsəri üzrə), «Azərbaycan və Osmanlı imperiyası XV-XVI əsrlərdə», «Quba tarixi», «XV əsr Azərbaycan dövlətlərinin quruluşu», həmçinin bir neçə fənn proqramı və dərs vəsaitinin müəllifidir.

Prof. Ş.F.Fərzəliyev eyni zamanda müxtəlif dövlət universitetlərində pedaqoji fəaliyyətdə də olmuşdur (Bakı Dövlət Universiteti, Sumqayıt Dövlət Universiteti, Lənkəran Dövlət Universiteti).

Prof. Ş.F.Fərzəliyev son illərdə tərcüməçilik fəaliyyətini daha da genişləndirmiş, fars dilində yazılmış iki böyük Azərbaycan tarixçisinin məşhur kitablarını dilimizə çevirmiş, bununla kifayətlənməyərək, onlara sanballı «Ön söz» başlıqlı məqalələr, həmçinin geniş şərhlər yazmışdır. Həmin kitabların birincisi XVI əsrin ikinci yarısı – XVII əsrin birinci rübündə yaşamış və Azərbaycan Səfəvilər dövlətinin tarixinə dair faydalı tarixi qaynaq qələmə almış İsgəndər bəy Münşinin «Tarixe-aləmaraye-Abbasi» («Dünyanı bəzəyən Abbasın tarixi») əsərinin mükəmməl tərcüməsidir (Əsər 2010 və 2014-cü illərdə 2505 səhifədən ibarət çap olunmuşdur). İkinci qaynaq isə Həsən bəy Rumlu kimi Səfəvi dövrü tarixçisinin məşhur «Əhsənüt-təvarix» («Tarixlərin ən yaxşısı») salnaməsidir ki, kitabın I cildi üzərində tərcümə işi artıq bitmiş və şərhlərlə birlikdə çap üçün hazırlanmış, II cildinin tərcüməsi bu il bitəcəkdir.

O həm də Jozef Tiflisinin "Mir Veys və Şah Sultan Hüseyn", Yan Tadeuş Kruşinskinin "Xristian səyyahın tarixi" kimi dəyərli mənbələrin tərcüməçisidir. 

Müəllifin araşdırmaları, göründüyü kimi, çoxşaxəlidir. Görkəmli alim bir tə­rəf­dən ümumi tarixlə bağlı kitablar nəşr etdirmiş, digər tərəfdən isə Azər­bay­can tarixinə dair müxtəlif dillərdə olan ilkin mənbələrin Azərbayсan dilinə tərсüməsi ilə məşğul olmuş, indiyədək 2 tarixi qaynaq kitabını fars və osmanlı dillərindən dilimizə çevirərək çap etdirmişdir.

Ş.F.Fərzəliyev müxtəlif problemlərə həsr olunmuş çoxsaylı məqalələr yazmış, həm Respublikamızda, həm də xariсdə keçirilən beynəlxalq elmi konfrans və görüşlərdə (Moskva, Ankara, İstanbul, Daşkənd, Təbriz, Mahaçqala, Kipr Respublikası, Polşa və s.) fəal iştirak etmişdir.

Prof. Ş.F.Fərzəliyev 2009-cu ildə Yaponiyanın Sinday Universitetinin dəvəti ilə həmin ölkədə olmuş, Azərbaycan tarixşünaslığına dair mühazirə oxumuşdur. Azərbaycan xalqının vətənpərvər övladı və tanınmış alim kimi Azərbayсanın tarixi problemlərini istər ölkə daxilində, istərsə də xariсdə işıqlandırmış Şahin Fərzəliyev çıxış etdiyi ölkələrdə Azərbayсanın tutduğu mövqeyi cəsarətlə müdafiə etmişdir. 

Ş.F.Fərzəliyev gənс elmi kadrların yetişdirilməsi sahəsində çox səmərəli fəaliyyət göstərir. Onun rəhbərliyi ilə 11 nəfər tarix üzrə fəlsəfə doktoru elmi dərəcəsinə layiq görülmüşdür. O, 3 nəfər İran vətəndaşının elmi rəhbəridir. Tarix İnstitutunun nəzdində fəaliyyət göstərən ixtisaslaşdırılmış müdafiə şurasının üzvüdür. Prof. Ş.F.Fərzəliyev 10-dan çox kitabın elmi redaktoru olmuş, 20-yə yaxın tarix üzrə fəlsəfə doktoru və tarix üzrə elmlər doktoru dissertasiyalarına opponetlik etmişdir.

İndiyədək Ş.F.Fərzəliyevin 37 kitabı (bədii, elmi və tərcümə) çapdan çıxmışdır.

Ş.F.Fərzəliyev Azərbaycan Yazarlar Birliyinin üzvüdür.

O, üç Dövlət Medalı (Əfqanıstan) və bir neçə Fəxri Fərmanla (SSRİ) təltif olunmuşdur.